Kegiatan ekstrakurikuler di Madrasah Tsanawiyah Ma’arif Sunan Ampel Ponorogo ada yang wajib dan ada yang pilihan. Ekstrakurikuler wajib merupakan program ekstrakurikuler yang harus diikuti oleh seluruh peserta didik, terkecuali peserta didik dengan kondisi tertentu yang tidak memungkinkannya untuk mengikuti kegiatan ekstrakurikuler tersebut. Ekstrakurikuler wajib tersebut adalah pendidikan kepramukaan.